
מוזיאון ארצות המקרא הוא מפעל חייהם של בתיה ואלי בורובסקי, שבמסירות אין קץ עיצבו ובנו את המוזיאון היחיד בעולם המוקדש להיסטוריה של תקופת המקרא.
ד"ר אלי בורובסקי ז"ל, חוקר מפורסם ואספן אמנות עתיקה, צבר, במשך למעלה מחצי מאה, את הפריטים המוצגים במוזיאון. בשנת 1943 רכש חותם גליל עליו חקוק בכתב הארמי הקדום השם "שלום". היה זה הפריט הראשון באוסף הממצאים מהמזרח התיכון הקדום, הנחשב כיום לאחד החשובים ביותר בעולם, באמצעותו ניתן להבין את המקרא בהקשר ההיסטורי והתרבותי שלו.
ד"ר בורובסקי (2003-1913) נולד בוורשה, למד בישיבת מיר והמשיך ללימודי רבנות במכללה הרבנית האיטלקית שבפירנצה. שם נשבה בקסמי האמנות וההיסטוריה של המזרח הקדום, והחליט להקדיש את חייו ללימודם. במכון המקרא האפיפיורי ברומא למד לקרוא את כתב היתדות, והתמחה בכתבים השומריים.
באוגוסט 1939, בהיותו סטודנט בסורבון בפריס, זמן קצר לפני פרוץ מלחמת העולם השנייה, הצטרף אלי בורובסקי ליחידת מתנדבים יהודית בצבא הצרפתי, כדי להילחם בנאצים. בהיותו עצור בשוויץ עבד במשרה חלקית במוזיאון לאמנות ולהיסטוריה בז'נבה, שם חקר אוסף חותמות גליל ותעודות בכתב היתדות ממסופוטמיה.
לאחר שמשפחתו נספתה בשואה, איבד אלי את העניין באמנות, במוסיקה, בשירה ובספרות, שכן לא האמין עוד בכוחם להעניק לאנשים את האומץ המוסרי להתמודד עם אי צדק וברבריות. הצורך שלו בקימום ערכי המקרא המוסריים והרוחניים הלך והתפתח עד שהפך למשימת חייו. הוא האמין כי הדרך להשגת מטרה זו היא בנייה של אוסף פריטים מארצות המקרא שיאששו וישקפו את עושרו הרוחני והמוסרי של העולם המקראי.
במהלך השנים בנה ד"ר בורובסקי אוסף של מיטב הממצאים. אין חותם, תבליט או צלמית שלא מתעדים דמות, אירוע, סיפור, או מנהג מעברנו העתיק. יחד, יוצרים כל הפריטים הללו פסיפס צבעוני של העולם העתיק, ומציירים תמונה עשירה ומגוונת של חיי היום יום, הפולחנים דתיים, והאירועים היסטוריים עליהם אנו למדים מן המקרא ומהארכיאולוגיה המקראית.
אלי ובתיה בורובסקי חברו יחד לשילוב נכון של הגות ומחשבה מעשית. בתיה בורובסקי תרמה את כישוריה העסקיים ואלי בורובסקי הביא את הידע העצום שלו. במסירות עצומה וללא ליאות, פעלו להגשמת חלומם.
בשנת 1985 נערך טקס הנחת אבן הפינה, באתר בו ניצב המוזיאון היום. באחד-עשר במאי, 1992, נפתח מוזיאון ארצות המקרא ירושלים למבקרים מהארץ ומהעולם.
כיום, משמש המוזיאון מרכז תוסס להרצאות, לכינוסים, לסמינרים ולקונצרטים, כמו גם לאלפי תלמידי בית ספר ומבקרים מכל קשת הגילאים.